Per me la risposta (o una risposta) sempre valida a queste domande e' sempre la stessa. Ossia usare il coltellino svizzero dei programmi di elaborazione video, per di piu' open-source, ossia VirtualDub.
VD di suo apre pochi formati, ma essendo open source esistono plugin aggiuntivi per tantissimi formati aggiuntivi, tra cui anche mp4 (
link).
Consiglio di impratichirsi con VD, non lo rimpiangerai... poi magari sarai tu a venire in nostro aiuto quando sarai diventato esperto!