Questione di punti di vista: per te e' un difetto, per me e' un pregio.
VD non si pone come obiettivo di supportare formati proprietari come l'mp4 (basato su QuickTime di Apple), per cui sono resi disponibili plugin per l'importazione ma poi il salvataggio avviene con il codec che l'utente desidera all'interno di un contenitore standard (l'AVI).
Se poi hai bisogno per forza di avere un filmato incapsulato in qualche porcheria di container proprietario, esistono tool appositi (p.es. Handbrake che sta diventando sempre nel mondo opensource un po' uno standard a suo modo).
A proposito:
open source non significa gratuito; il software libero ha una licenza particolare che ne vieta la commercializzazione ma non e' questo il punto, significa che il codice sorgente e' pubblico e che chiunque puo' visionarlo e migliorarlo. Scusate se e' poco.