Le informazioni sono utili. Se la memoria non mi tradisce, mi era ad un certo punto capitato lo stesso, sempre con Windows 98 e IE (anche se IE era, mi pare, la versione 5).
Nel mio caso, sempre se non ricordo male, il problema era solo con le pagine html (recapitate via email o scaricate via http) che contenevano link ipertestuali in javascript.
Intanto prova a entrare nelle opzioni del browser, tab "protezione", e applica a tutte le aree le impostazioni di default.
Poi dimmi una cosa: il problema ti capita solo quando il link dovrebbe aprirsi in una pagina nuova, se non ho capito male. Per capire se il problema risiede o meno negli script, prova questo indirizzo
www.vatsim.net/
(scusa, il primissimo sito che mi e' venuto in mente, ignora pure il contenuto)
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e clicca su uno qualsiasi dei link nel frame centrale. Si apre, in una nuova pagina, o si blocca tutto?